现在全国所有的省都开始了农村信用社的改革程序，总体来说不外三种所有权模式：股份制、合作制、股份合作制，也就是说，农村信用社从一个准官方的金融机构，变成一个以市场为主体的商业型金融机构，虽然它还承担一部分国家支持农业的任务。在这种环境下，以前从农业银行继承过来的组织结构就有点不适应了，因为现在（也许是以后）的农村信用社和农业银行有很大的不同了，最主要的就是所有者不同了。投资者关注的利益回报，再使用那种比较官僚的科层组织结构，很难使投资者满意。

    科层组织机构如下所述：
     最上面的联社主任，由人民银行任命，同时任命两名副主任和一名总稽核，协助联社主任。两名副主任一般是一个分管业务，一个分管财务。联社主任是该县级联社的法人代表。
     第二层是中层干部，一般由财务、业务、人事、稽核、办公室五个部门组成，每一个部门都由一名正职（或副职但主持该部门工作）带领几个副职和办事员组成。按照要求，这种部门起到承上启下的作用。
     一二层也叫称为管理层，负责管理下面的第三层。
     第三层就是各个农村信用社，他们其实是一个个的利润点。
     大家看明白了没有。农村信用社是一个利润点，他通过自己的经营活动获取利润来养活他们的管理层。而管理层为他们在经营方面进行指导监督，促使他们根好的经营，赚取更多的利润。好了，现在问题来了。假设某一个信用社在经营活动中有一点麻烦，而自己解决不了，他就向管理层寻求帮助。可是，管理层都已经分割好了，搞财务的不知道业务水平，搞业务的不知道财务计划。求援报告一上交，首先财务部门和信贷部门和稽核部门和人事部门和办公室要开会研究一下，这个问题该哪个部门负责。然后，由这个负责的部门向分管主任汇报，要求调用另外部门的人员来协助工作，这又涉及的部门之间的沟通。万一该名人员说我的事也很急，也很重要，那就拖吧。但基层信用社可经不起拖。好，再一次提交报告进行催促。再来开会讨论，再来确定人员，诸如此类。时间一点点的过去，小问题变成大麻烦。
     为什么会形成这样的局面呢。专业细分加组织结构不合理而已。当信用社向商业金融机构转变的时候，上述的组织结构就会使我们窒息。一个充满活力的企业不是这样的。也许有人说，信用社的人员素质不高，不能对他们要求过高。但在我看来，这个不是主要因素。主要因素是组织结构设计不合理，没有充分发挥每一个的作用。我认为，县级联社应该按照现代企业的组织形式，打破专业界限，把各种人才组合的一起，形成团队。我心目中的联社组织结构应该是这样的；
     第一层：联社主任、总稽核（监事长）、财务总监
     他们受聘于理事会，对理事会负责。联社主任负责全面的事务，整个联社的兴衰于他密切相关。总稽核负责监督检查辅导各项业务的开展。财务总监负责全联社的财务工作，并对会计报表负最直接的责任。
     第二层：事业部和技术支持部门
     事业部：因找不到更好的名称，借用一下企业的说法。该部门根据基层信用社的数量和质量设置。每一个事业部中至少要包括一个财务人员、一个业务人员和一名稽核员。这数名人员组成一个团队，负责一片区域的信用社所有事务。根据管理效益原则，一般一个事业部可以负责6-9个信用社，因规模而异。每个事业部都向联社主任负责，而每个事业部中的员工分别向各自的专业领导负责（信贷人员向副主任负责）。这样的话，当基层信用社出现问题时，可直接向所属事业部寻求帮助，而事业部因整合了各种人才，可以综合各方面的看法，帮助信用社立即解决问题而不会拖延，这样大大提高了效率。
    技术支持部门主要是指各种专业人才的集合，如计算机、统计、人事管理等，主要任务是：1、保证整个联社系统正常有效的运行。2、收集整理各事业部提供的各种数据，转化为各种报表供联社主任、总稽核和财务总监参考。3、提供一个信息平台，支持全联社的信息共享。4、提供各种人员的资料，帮助他们到最适合的岗位上去。